《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。

故事发生在八十年代的盐都（自贡），一位平凡而又朴实的母亲高兰英带着儿子大满走进了于满仓的家，家里有满仓的两个女儿和满仓妈。性格暴躁的于满仓在一次车祸中身亡，留下刁钻古怪的老太太、永不满足现状的大满、放荡散漫的二满、乖巧懂事的三满以及突然出现的私生子“小满”。大满出狱后事业慢慢达到巅峰，又被人陷害跌入低谷；二满的一段师生情害死了老师；一向乖巧的三满在即将大学毕业分配之际却因怀孕被学校开除。高兰英一次又一次面对突如其来的打击，坚强的挑起了家庭的重担，她的坚韧、善良温暖了每个孩子以及周围的人们，使得他们都找到了各自的幸福生活，她用平凡诠释了一首伟大母亲颂歌。

8.13淞沪抗战中，猛虎团在团长谢云汉的指挥下坚守防线。这时猛虎团接到退守的命令，并抽调三连去执行一项绝密的“桐计划”任务。全团官兵将数倍的日军击退，三吨国有资源黄金得以保护。中共地下党在顾也舟的领导下组织各界爱国人士积极援助这支孤军。日军得知猛虎团与“桐计划”有关，他们是为转移日军注意力争取时间转移作为战略资源的物资，于是日军改变了进攻策略。谢云汉受命带领部队和因故未能转移的三吨黄金撤出阵地，在租界被迫执行军令缴械，并被送至一座军营隔离。从此命运多舛，日军为了打击中国军民的抗战决心，用尽各种手段企图劝降，军统严密监视孤军以防叛变。中共地下党全面开展救援。最终全团顺利越狱

经过漫长的十年动乱，苦难的国人终于迎来春天的气息。整整一代青年将大好青春年华葬送在运动以及上山下乡的再教育中，而错失在课堂念书学文化的好机会。好在恢复高考的喜讯让有志青年们看到希望，在这支高考大军中，从北京来到偏远小西村的知青林木（罗刚 饰）即是其中的一员。此前，他已与当地的女孩王小麦（王茜华 饰），并育有一女。经过专心苦读，他终于考上北京的大学，可是烦恼随之而来。林木的妈妈杨文采（王丽云 饰）找到小西村，她高傲自负，坚决不承认这个农村媳妇。为了拆散这对夫妻，杨阻止小麦上京、伪造离婚书，可谓无所不用其极。而小麦凭着农村女孩的一股韧劲儿，带着女儿来到林家寻夫。在之后的几十年里，无论生活诸多磨难，还是周遭的冷嘲热讽，小麦从不低头，以其柔弱而坚强的臂膀开创了属于自己的幸福人生……

上世纪30年代末，古老的中华大地正经受着最为苦难的时刻。外有日寇铁蹄进犯，内有不同派别势力的斗争碾压，战火连绵，生灵涂炭。为了获取重要的情报，共产党方面派出周乙（张嘉译 饰）和顾秋妍（宋佳 饰）假扮夫妻，潜入哈尔滨的警察厅特务科。周乙被任命为特别行动队队长，但他的真实身份一直受到高科长（程煜 饰）的怀疑。

该剧讲述的是大唐贞观年间，苏凤父子反唐，薛仁贵元帅奉命征剿却惨遭奸人所害，其子薛丁山请缨，以无敌之势夺得帅印，与母亲及妹妹出发西征的故事。

清末民初，江南濮院镇的贺家是江浙绞丝业首富，而家族事业的发展离不开掌管全家事务的老太太金普荷。尽管金老太太在家中说一不二，却遭到了族人的憎恨，唯独儿媳宝琴对她绝对信任和服从。宝琴受礼教束缚，将丈夫和儿子的不忠与不孝归咎于自己的宿命，深受煎熬。宝琴的丈夫贺文达风流成性，与青楼女楚楚生有一子名为润生。然而，润生却被贺家管家领养，聪明过人。叔叔贺贵全一直垂涎于贺家财产，与马贼勾结绑架了侄子贺文达。然而，劫匪头铁军竟与贺文达长得如同一人，他乔装成贺文达来到贺家暗查身世之谜。他为人耿直，他的到来揭开了隐藏多年的秘密，也为贺家女人点亮了希望之灯。最终，为保护金家的女人，铁军承担了绑架罪名，使贺贵全夺权阴谋落空。尽管铁军最终牺牲，但他的牺牲让宝琴明白女人也同样有追求幸福的权利。最终，宝琴成全了家中的下女雨浓与润生的幸福人生，为故事画上了圆满的句号

绵亘十年的文革动乱，改变了无数人的命运。相应领导人号召上山下乡的知识青年们，历经磨难总算等到返城的那一天，但是美丽的陈涵秋（刘威葳 饰）却经历着人生中最为苦难的时刻。涵秋出身知识分子家庭，父亲不忍受辱“畏罪自杀”，她则因黑五类的身份在乡下备受歧视。在此关头，她怀孕的消息引来无数的争议，而一直爱恋他的平民子弟袁刚（于和伟 饰）则挺身而出，担当起保护涵秋的重任。这对出身背景全然不同的男女，就这样被命运连在了一起。而当婚后的生活平稳推进时，与两人一同下乡的同学李劲松（刘钧 饰）——同时也是真正让涵秋怀有身孕的男人突然出现。此去经年，亲情、友情、爱情……种种情感，将这群命运多舛的人紧紧绑在了一起…

1960年元旦宋春玲收养孤儿男婴，取名孙小虎，并刻香木虎符给他。小虎后被拐卖，挣扎中香木虎断为两半。小虎改名季得生（郑国霖 饰演），与女孩唐招弟相恋，上医大前赠虎头与招弟定情，招弟却被迫嫁人。医大同学尹会娟（杨恭如 饰演）抛弃同班男友陈雁鸣追求得生……