故事主要讲述了就读于圣克罗尼亚学园高中部的溷血儿羽濑川小鹰，在某一天看到了美少女三日月夜空一个人愉悦地说着话，之后两人便开始聊起关于如何交朋友的话题。而没想到夜空建立了一个以交朋友为目的问题社团──邻人部，各种问题美少女先后申请入社。就这样这部残念系青春恋爱喜剧拉开帷幕了……

思春期症候群——这是一种只发生在易敏感和不稳定的青春期的、不可思议的现象。 例如，在梓川咲太面前出现的野生兔女郎。 她的真实身份是高中高年级学生，明星活动休止的女演员樱岛麻衣。她迷人的身姿，不知为何在周围的人眼里看不出来。 咲太决定解开这一谜题。在于麻衣一起度过的时间里，咲太知道了她秘密的想法…… 女主人公们一个接一个地出现于咲太的周围，她们都有着“青春期症候群”。在天空和大海都很闪耀的小镇上，开始了令人激动的故事。

原田巧（内山昂辉 配音）似乎生来就要成为一名投手，在棒球运动上有着极大天赋的他一路走来收获了无数的赞美和荣誉。升入初中后，巧来到了风景秀丽民风淳朴的新田市，在那里，他即将开始初中生活。一次偶然中，一个名为永仓豪（畠中祐 配音）的男生，竟然接住了巧拼尽全力投出的球。两人的相遇让命运的齿轮开始了转动。
　　巧和豪双双加入了新田东中学棒球部，在那里认识了许多志同道合的朋友们——沉默寡言的队长海音寺一希（梅原裕一郎 配音）、温柔体贴的泽口文人（村濑步 配音）、自信满满的吉贞伸弘（齐藤壮马 配音）、不苟言笑的展西咏司（森岛秀太 配音）。

时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！

近卫昂（井口裕香 配音）家世世代代都作为凉月家的管家而存在，以此与凉月家族形成了深厚的羁绊。可是，管家的职位只能由男子担当，为了延续祖先的传统，近卫昂女扮男装隐藏身份，成为了大小姐凉月奏（喜多村英梨 配音）的管家。坂町近次郎是一个普通的男生，由于童年的遭遇，长大后的次郎开始变得无法从容的面对女性，这一现象一般被称为“女性恐惧症”。由于这种特质，次郎发现了近卫昂的秘密，为了掩盖事实，凉月奏以治疗其恐惧症为条件，要求次郎保守这个秘密。从此，在害怕女性的次郎身边，开始出没大量外形可爱性格活泼的女生，次郎快乐的校园生活正式开始！

当发现皇帝最宠爱的妃子玉波公主怀孕时，猫猫重返玉宫，继续担任试毒师。他们整天警惕着，试图阻止针对皇后和皇帝孩子的事件再次发生。新贵妃柔然入宫，她的父亲是前任皇帝时代的一位高级藩王；一桩史无前例的悬案威胁着仁慈的生活；而嫌疑人翠玲却失踪了。就在气氛紧张之际，一支来自异国的商队，甚至还有提出无理要求的特使到来。宫殿之中，云雾开始变得更加阴暗。一个新的棘手案件等待着猫猫和仁史。这些事件最终都会发展成为涉及整个国家的大事件。

在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……