明朝天启年间，左都御史杨涟因得罪魏忠贤含冤入狱，魏忠贤授意东厂及锦衣卫秘密将杨家灭门，徐长卿受王冬青所托秘密救援杨涟孙女杨紫萱，长卿舍身护送紫萱从应山府逃到龙泉村同仁医馆投靠刘谦，刘谦感念恩师杨涟恩情，将紫萱收作关门弟子细心照顾并传授其医学知识，此后几个人将医馆生意打理的井井有条，没想到却引来同行郎中吴南星的嫉妒，最后惊动魏忠贤党羽，魏忠贤得知杨紫萱踪迹派出多批杀手奔医馆而来，只为将杨家孤女紫萱和账本（杨涟所留魏忠贤通敌）一同斩草除根……江湖风云又起。
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2006年，南方某县城，女大学生尹露遇害，由于线索的缺失，案件侦破迟迟没有进展。连舟是尹露男友，为寻找真相，不顾所有人反对，毅然搬到了尹露最后出现过的古城，以送煤气罐的工作为掩护，开始了大海捞针似的调查。在此期间，连舟与负责案件侦破的刑警付翔结下了深厚友谊，连舟也从一个年轻莽撞、一意孤行的青年，慢慢成长变得稳重冷静、细思熟虑的成年人。整个调查过程中，一次意外长时间的昏迷后，因牵扯到案件里的人事物的遭遇变化，也不禁令连舟更进一步反思自己的所作所为为自己和他人的人生带来什么样不同的意义。
